วิธีการต้มยาสมุนไพรเป็นหนึ่งในวิธีแปรรูปสมุนไพรที่สามารถสกัดตัวยาที่อยู่ในสมุนไพรให้ออกมาได้ดีกว่าวิธีอื่นๆเพราะต้องใช้ความร้อนมากและเวลาการต้มที่นานกว่า โดยมีน้ำเป็นตัวละลายยาที่อยู่ในต้นพืชสมุนไพร การต้มยาสมุนไพรไม่จำกัดว่าจะเป็นสมุนไพรแห้งหรือสมุนไพรสด โดยมากจะเป็นพืชสมุนไพรจำพวกเปลือกไม้ รากไม้ เมล็ดหรือผลของพืชสมุนไพร
การต้มยาสมุนไพรมีข้อดีคือ ทำง่ายและสะดวก สามารถสกัดเอาตัวยาออกมาจากพืชสมุนไพรได้มากแต่ก็มีข้อเสียคือยาสมุนไพรที่ได้จากการต้มมักจะมีรสขม ฝาด กลิ่นและรสชาติไม่น่าดื่มและยาสมุนไพรที่ได้จากการต้มไม่ควรเก็บไว้ข้ามคืนเพราะอาจจะขึ้นราและเสียได้ง่าย ควรดื่มยาสมุนไพรที่ได้จากการต้มให้หมดภายในวันนั้น(ต้มกินวันต่อวัน)
วิธีการต้มยาสมุนไพร ความสะอาดต้องมาเป็นอันดับหนึ่ง น้ำและภาชนะที่ใช้ในการต้มยาสมุนไพรต้องสะอาดและบริสุทธิ์ ภาชนะที่ใช้ควรเป็นภาชนะที่ทำด้วยดินเผา ไม่ควรใช้ภาชนะที่เป็นโลหะเพราะสมุนไพรอาจทำปฏิกิริยากับโลหะทำให้มีผลต่อสรรพคุณของยาสมุนไพร ส่วนปริมาณที่ใช้ต้มให้ใส่พอท่วมตัวสมุนไพรเท่านั้น
การเตรียมสมุนไพรที่จะต้ม ถ้าสมุนไพรที่นำมาต้มมีขนาดใหญ่ให้หั่นหรือสับให้มีขนาดเล็กลงแต่อย่าหั่นหรือสับสมุนไพรจนเล็กเป็นฝอยเพราะจะทำให้ลำบากเวลาจะแยกกากสมุนไพรออกจากน้ำสมุนไพรที่ต้มได้ หากเป็นสมุนไพรแห้งก่อนต้มให้แช่น้ำทิ้งไว้สัก 20-30 นาที แต่ถ้าเป็นสมุนไพรสดให้ต้มได้เลยไม่ต้องแช่น้ำ
ความแรงของไฟที่ใช้ต้มยาสมุนไพร ให้ใช้ไฟปานกลางเมื่อต้มยาจนเดือดแล้ว ค่อยๆลดไฟลงให้เป็นไฟอ่อนและขณะต้มยาสมุนไพรต้องคอยคนยาที่ต้มตลอดเวลา ต้มยาสมุนไพรด้วยไฟอ่อนอีก 10-20 นาทีก็ใช้ได้แล้ว การต้มยาสมุนไพรตามสูตรคนไทยที่ใช้กัน มักต้มโดยใส่น้ำลงไป 3 ส่วนแล้วต้มจนน้ำเหลือ 1 ส่วน(ต้ม 3 เอา 1) ยาสมุนไพรที่ได้จากการต้มให้กินวันละ 3 ครั้งและควรกินยาสมุนไพรที่ต้มได้ในวันนั้นให้หมดแบบวันต่อวัน.