1. การเก็บพืชสมุนไพรส่วนรากหรือหัว ช่วงเวลาที่เหมาะสมในการเก็บพืชสมุนไพรส่วนรากหรือหัวคือช่วงต้นฤดูหนาวจนถึงปลายฤดูร้อน ต้นสมุนไพรจะหยุดการเจริญเติบโตชั่วคราวในส่วนของดอกและใบ ในช่วงนี้ส่วนรากหรือหัวของพืชสมุนไพรจะสะสมตัวยาเอาไว้มาก การเก็บส่วนหัวของพืชสมุนไพรต้องใช้ความระมัดระวังในการขุด อย่าให้หัวหรือรากของพืชสมุนไพรเกิดความเสียหายซึ่งอาจจะเป็นการขาด หัก หรือช้ำ พยายามขุดหัวสมุนไพรขึ้นมาให้อยู่ในสภาพที่สมบูรณ์ที่สุด
2. การเก็บพืชสมุนไพรส่วนใบหรือเก็บพืชสมุนไพรไปใช้ทั้งต้น โดยทั่วไปพืชสมุนไพรที่ใช้ใบจะเลือกเก็บใบที่เติบโตเต็มที่แล้ว(ไม่อ่อนหรือไม่แก่จนเกินไป) แต่มีพืชสมุนไพรบางชนิดที่มีการระบุอย่างชัดเจนว่าต้องใช้ส่วนของใบอ่อนหรือใบแก่จึงจะให้ผลในการรักษาที่ดีที่สุด นอกจากนี้อาจมีการระบุช่วงเวลาที่จะต้องเก็บใบพืชสมุนไพรอย่างชัดเจนเช่น ต้องเก็บใบสมุนไพรในช่วงที่กำลังติดดอกหรือช่วงที่ดอกบานแล้ว เหตุผลคือช่วงเวลาดังกล่าวเป็นช่วงเวลาที่พืชสมุนไพรสะสมคุณสมบัติทางยาเอาไว้มากที่สุด
3. การเก็บพืชสมุนไพรส่วนเปลือก โดยทั่วไปช่วงที่มีการสะสะตัวยาไว้มากที่สุดในส่วนเปลือกของพืชสมุนไพรคือช่วงรอยต่อระหว่างฤดูร้อนกับฤดูฝน ในช่วงเวลานี้เปลือกของต้นสมุนไพรจะอ่อนและล่อนจนสามารถลอกออกได้โดยง่าย การลอกเปลือกของต้นสมุนไพรควรเลือกลอกตาม กิ่ง ก้านของต้นสมุนไพร อย่าลอกเปลือกที่ส่วนของลำต้นเพราะอาจทำให้เกิดความเสียหายต่อการเจริญเติบโตของต้นพืชสมุนไพร อาจทำให้ท่อน้ำเลี้ยงที่อยู่ในลำต้นของต้นสมุนไพรเกิดความเสียหายจนอาจทำให้ต้นสมุนไพรถึงตายได้
4. การเก็บพืชสมุนไพรส่วนที่เป็นดอก ส่วนมากจะเลือกเก็บในช่วงที่ดอกกำลังบานสะพรั่ง แต่ก็มีพืชสมุนไพรบางชนิดที่ต้องเลือกเก็บในช่วงที่ดอกกำลังตูมจะให้ผลที่ดีกว่า เช่น กานพลู กระเจี๊ยบ เป็นต้น
5. การเก็บพืชสมุนไพรส่วนที่เป็นผลและเมล็ด ส่วนมากนิยมเก็บกันในช่วงที่ผลแก่เต็มที่แล้วแต่ก็มีข้อยกเว้นในพืชสมุนไพรบางชนิดที่นิยมเก็บไปใช้ตอนที่ผลยังอ่อนๆอยู่เช่น ผลฝรั่งอ่อน มะระขี้นก เป็นต้น
หลังจากการเก็บพืชสมุนไพรแล้ว พืชสมุนไพรที่เก็บมาจะถูกนำไปแปรรูปโดยการตากแห้งเป็นส่วนใหญ่ การตากสมุนไพรควรเลือกทำในที่ที่อุณหภูมิพอเหมาะ อากาศถ่ายเทสะดวก ไม่เปียกหรืออับชื้น มีแสงแดดส่องถึง อย่าให้พืชสมุนไพรตากอยู่ในที่ๆมีฝุ่นละอองหรือเสี่ยงต่อการถูกปนเปื้อนจากไอระเหยต่างๆที่อาจปนเปื้อนลงในสมุนไพรที่ตากแห้งอยู่ พืชสมุนไพรบางชนิดเช่นสมุนไพรที่มีสารจำพวกน้ำมันหอมระเหย ไม่ควรตากแดดโดยตรงเพราะจะทำให้คุณสมบัติทางยาของน้ำมันหอมระเหยเปลี่ยนไป ให้ใช้วิธีการอบแห้งที่อุณหภูมิ 30-60 องศาเซลเซียส การเก็บรักษาพืชสมุนไพรที่แปรรูปแล้วให้บรรจุใส่ในภาชนะที่แห้งเช่น ขวดโหลแก้วมีฝาปิด ต่อจากนั้นให้เขียนป้ายกำกับโดยระบุ ชื่อสมุนไพร วันเดือนปีที่เริ่มเก็บและแหล่งที่มาติดไว้ที่ขวดโหลด้วย.
หลังจากการเก็บพืชสมุนไพรแล้ว พืชสมุนไพรที่เก็บมาจะถูกนำไปแปรรูปโดยการตากแห้งเป็นส่วนใหญ่ การตากสมุนไพรควรเลือกทำในที่ที่อุณหภูมิพอเหมาะ อากาศถ่ายเทสะดวก ไม่เปียกหรืออับชื้น มีแสงแดดส่องถึง อย่าให้พืชสมุนไพรตากอยู่ในที่ๆมีฝุ่นละอองหรือเสี่ยงต่อการถูกปนเปื้อนจากไอระเหยต่างๆที่อาจปนเปื้อนลงในสมุนไพรที่ตากแห้งอยู่ พืชสมุนไพรบางชนิดเช่นสมุนไพรที่มีสารจำพวกน้ำมันหอมระเหย ไม่ควรตากแดดโดยตรงเพราะจะทำให้คุณสมบัติทางยาของน้ำมันหอมระเหยเปลี่ยนไป ให้ใช้วิธีการอบแห้งที่อุณหภูมิ 30-60 องศาเซลเซียส การเก็บรักษาพืชสมุนไพรที่แปรรูปแล้วให้บรรจุใส่ในภาชนะที่แห้งเช่น ขวดโหลแก้วมีฝาปิด ต่อจากนั้นให้เขียนป้ายกำกับโดยระบุ ชื่อสมุนไพร วันเดือนปีที่เริ่มเก็บและแหล่งที่มาติดไว้ที่ขวดโหลด้วย.