ดังนั้นวิธีการเก็บพืชสมุนไพรมาทำเป็นยาจึงต้องคำนึงถึงปัจจัยที่จะมีผลกระทบต่อสรรพคุณทางยาของพืชสมุนไพรเช่น ระยะเวลาในการเก็บต้องคำนึงถึงช่วงเวลาในการเก็บพืชสมุนไพรให้เหมาะสมด้วยเพื่อให้ได้พืชสมุนไพรที่มีสรรพคุณทางยาที่สูงที่สุด
วิธีการเก็บพืชสมุนไพรมาทำเป็นยานั้น การเก็บแต่ละส่วนของพืชสมุนไพรเช่น รากหรือหัว ใบ เปลือก ดอก ผลและเมล็ด ก็มีข้อควรระวังที่ไม่ควรละเลย หลังจากเก็บพืชสมุนไพรมาแล้วควรรับทำการแปรรูปพืชสมุนไพรให้เร็วที่สุด(อย่าทิ้งไว้นาน)ตามวิธีที่ถูกต้องของการแปรรูปพืชสมุนไพรแต่ละชนิดเพื่อรักษาคุณสมบัติทางยาของพืชสมุนไพรเอาไว้ให้มากที่สุด
ช่วงเวลาที่เหมาะสมในการเก็บพืชสมุนไพร ควรเป็นวันที่อากาศแห้งและปลอดโปร่ง เมื่อเก็บมาแล้วหากต้องแปรรูปพืชสมุนไพรโดยวิธีการใดก็ตามเช่น การแปรรูปพืชสมุนไพรด้วยการตากแดดหรืออบแห้งก็ควรรีบทำให้เสร็จโดยเร็วที่สุดเพื่อรักษาสรรพคุณและคุณสมบัติทางยาของสมุนไพรและยังเป็นวิธีป้องกันการเกิดเชื้อราในสมุนไพรได้อีกด้วยเนื่องจากพืชสมุนไพรที่เก็บมาสดๆหากปล่อยทิ้งไว้นานโดยไม่รับทำการแปรรูปสมุนไพรให้เสร็จโดยเร็วก็อาจเกิดเชื้อราและสูญเสียคุณสมบัติทางยาได้
เมื่อแปรรูปพืชสมุนไพรเสร็จแล้ว ก็เป็นขั้นตอนการเก็บสมุนไพร โดยทั่วไปควรเก็บสมุนไพรไว้ในที่แห้งเช่น ภาชนะที่เป็นขวดโหลแก้วหรือภาชนะที่มีผาปิดสนิทเพื่อป้องกันเรื่องความชื้นที่อาจทำให้สมุนไพรที่แปรรูปแล้วเกิดเป็นเชื้อราหรือทำให้ สี กลิ่นและคุณสมบัติทางยาของสมุนไพรเปลี่ยนไป.